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Neuer Supercomputer für Biologen in Wien

Nicht nur Geheimdienste sammeln heutzutage große Datenmengen, sondern auch Biologen. Einen "Supercomputer" mit besonders viel Speicherplatz hat nun das Gregor Mendel Institut (GMI) der Österreichischen Akademie der Wissenschaften (ÖAW).

Botanik 14.10.2013

Benannt wurde es nach dem Genetiker und erbsenzählenden schlesischen Mönch "Mendel", wie das Institut am, Montag in einer Aussendung bekannt gab.

"Moderne Biologie spielt sich am Computer ab"

"Man kann heute keine Wissenschaft mehr ohne 'Big Data' machen", erklärte Magnus Nordborg, der wissenschaftliche Leiter des GMI. Wenn Forscher etwa die kompletten Erbanlagen vieler Pflanzenindividuen vergleichen wollen, wie oft jedes einzelne Gen in diesen abgelesen wird, und Unmengen mikroskopische Fotos Pixel für Pixel analysieren, bräuchten sie Computer, die mit Terabytes an Daten umgehen können. "Die moderne Biologie spielt sich am Computer ab", meint er.

Zwar könne man auch Rechenpower bei diversen Anbietern kaufen, aber die Daten über das Internet zu anderen Servern zu schicken sei für die Wissenschaftler keine Option. "Ironischerweise ist das Internet viel zu langsam für so große Datenmengen", sagte er. Deshalb müsse man heutzutage die Computer dort hinstellen, wo die Daten erzeugt werden.

Speicher besonders gefragt

Auch die Hochleistungscomputer der Physiker wie der Computercluster an der Technischen Universität (TU) seien für die GMI-Forscher "praktisch nutzlos", erklärte Nordborg. "Wenn man die Interaktionen von Teilchen oder das Wetter simulieren will, braucht man schlaue Algorithmen und viel Rechenkraft, aber wenig Speicherplatz, bei uns ist es genau umgekehrt", sagte er.

In der Biologie seien die Rechneraufgaben oft langweiliges Vergleichen von Daten, bei dem man allerdings Unmengen an Arbeits- und Festplattenspeicher bräuchte.

Damit der neue Supercomputer nicht gleich wieder veraltet ist, habe man sich für ein modulares System entschieden, erklärte Markus Kiess, Geschäftsführer des GMI. "Das System ist ausbaubar wie der Kasten eines schwedischen Möbelhauses", sagte er. Momentan sei dieser Schrank erst zu einem Viertel mit "Schubladen" - also Rechnereinheiten - gefüllt. "Bei Bedarf können wir relativ einfach und innerhalb von wenigen Wochen die Rechenpower verdoppeln oder verdreifachen", so Kiess.

Beispiel Wurzelwachstum

Zwei von vier Internettechnikern kümmern sich laut Kiess am GMI um den neuen Superrechner, der auch anderen Wissenschaftlern des Campus Vienna Biocenter und von ÖAW Instituten gegen Bezahlung zur Verfügung stehen wird, damit er voll ausgelastet ist.

Allerdings dürften dies zunächst die GMI-Forscher schon alleine schaffen, meint Nordborg. So will etwa sein Kollege Wolfgang Busch klären, wie sich verschiedene Umweltbedingungen auf das Wurzelwachstum auswirken. Dafür soll "Mendel" zuerst Hunderttausende hochauflösende Fotos analysieren und mit diesen Daten schließlich herausfinden, welche von 120 Millionen DNA-Bausteinen des Pflanzengenoms einen Einfluss auf diesen Prozess haben.

science.ORF.at/APA

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